Saat melanjutkan perjalanan mereka melintasi wilayah Johto, Satoshi dan teman-temannya mengunjungi Altomare, sebuah kota pulau yang menjadi tuan rumah acara balapan tahunan bernama Pokémon Water Race. Sementara Takeshi dan Kasumi sedang bersenang-senang, hal-hal aneh sepertinya menimpa Satoshi—entah bagaimana ia kalah dalam balapan air itu, melihat beberapa wanita menyerang seorang gadis dengan Pokémon mereka, dan meskipun mereka telah menyelamatkannya, gadis itu kemudian menyangkal pernah melihat Satoshi dan Pikachu sebelumnya!

Untungnya bagi Satoshi, kebingungannya teratasi saat ia mengetahui bahwa gadis yang ia dan Pikachu selamatkan sebelumnya sebenarnya adalah Pokémon bernama Latias, yang suka menyamar sebagai teman manusianya, Kanon. Latias dan Pokémon lain, Latios, dikenal sebagai Eon Pokémon, karena mereka menghuni dan menjaga Altomare bersama sebuah bola biru mistis bernama Soul Dew. Sebuah legenda kuno Altomare sangat terkait dengan Eon Pokémon dan Soul Dew, dan sangat dikenal di kalangan penduduk setempat—serta di kalangan penyerang Latias sebelumnya, dua saudari pencuri bernama Zanner dan Lyon. Saat para pencuri berusaha menangkap Eon Pokémon dan Soul Dew, Satoshi terpaksa bertindak untuk menghentikan mereka agar tidak membawa bencana ke Altomare.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.