Serebii, seekor Pokémon Legendaris yang terkenal karena kemampuannya melintasi waktu, diburu oleh seorang pemburu Pokémon tak dikenal yang ingin menangkapnya. Yukinari, seorang pelatih Pokémon muda yang gemar menggambar potret Pokémon, berusaha melindungi Serebii setelah makhluk itu secara tak sengaja menemuinya; namun di tengah pelariannya, keduanya menghilang tanpa jejak.

Empat puluh tahun kemudian, pelatih Pokémon ambisius Satoshi berharap dapat melihat Pokémon langka di sekitar daerahnya. White, seorang pengemudi perahu, membawa Satoshi ke desanya. Satoshi ditemani oleh tiga sahabat terdekatnya: Takeshi, mantan pemimpin gym yang sedang berlatih menjadi pembiak Pokémon hebat; Kasumi, seorang gadis muda yang ingin menjadi pelatih tipe Air yang terampil; dan Pikachu, mitra Pokémon Satoshi dan teman pertamanya.

Sementara itu, Yukinari dan Serebii muncul kembali di masa kini Satoshi dan bertemu dengan kelompoknya. Lord Vicious yang bertopeng, anggota staf eksekutif terkuat dari Team Rocket, berkeinginan untuk menangkap Serebii. Dengan menggunakan Dark Ball, varian dari Monster Ball yang merusak Pokémon yang tertangkap di dalamnya dan mengeluarkan kekuatan maksimum mereka, Vicious dapat mengubah Pokémon yang tak bersalah menjadi rintangan yang kuat dan menakutkan—termasuk Serebii sendiri! Terjebak dalam situasi sulit, Satoshi, Yukinari, dan teman-temannya harus bekerja sama untuk mengalahkan Vicious dan menyelamatkan Serebii serta diri mereka sendiri.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.