Sebuah ramalan kuno menceritakan tentang suatu hari ketika para raksasa es, kilat, dan api akan terganggu. Ketika hal ini terjadi, Lugia, penjaga laut, akan bangkit dan memulihkan keharmonisan. Terpesona oleh kata-kata ramalan tersebut, Gelardan, seorang kolektor Pokémon, berangkat dengan kapal udaranya membawa rencana mengerikan untuk menangkap Lugia dengan memburu ketiga raksasa tersebut.

Setelah Gelardan bertindak, perubahan iklim drastis mulai terjadi, saat badai-badai mengerikan mulai muncul di seluruh penjuru dunia. Salah satu badai tersebut menyebabkan kapal yang membawa para pelatih Pokémon, Satoshi, Kasumi, dan Kenji, terombang-ambing keluar jalur dan terdampar di Pulau Shamouti. Setibanya di sana, Satoshi diberi tahu tentang ramalan kuno tersebut, serta takdirnya sebagai orang terpilih yang akan membantu Lugia memulihkan keseimbangan dunia.

Dengan nasib dunia di tangannya, Satoshi harus mengumpulkan keberanian untuk menghadapi kekacauan yang mengancam akan menghancurkan segalanya dan menghentikan Gelardan.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.