Dengan menggunakan fosil Pokémon Legendaris Mew, Team Rocket berhasil menciptakan klon Pokémon pertama. Dinamai Mewtwo, Pokémon buatan manusia ini segera merasa kesal dengan keadaan di balik penciptaannya dan mulai mengamuk. Tak lama kemudian, ia didekati oleh Sakaki, pemimpin Team Rocket, dan dimanipulasi untuk melakukan perbuatan jahat.

Merasa jijik dengan tipu daya manusia dan kekejaman yang telah dialaminya, Mewtwo mengisolasi diri dari semua orang dan merencanakan konspirasi melawan manusia sambil berusaha menemukan tujuan hidupnya yang sebenarnya. Dengan menyamar sebagai pelatih Pokémon terkuat di dunia, Mewtwo menarik para pelatih terkuat di wilayah tersebut yang ingin bertarung melawan lawan baru yang misterius. Dengan nasib dunia dipertaruhkan, para pelatih terkenal Satoshi, Takeshi, dan Kasumi harus bertarung melawan Mewtwo dan mengalahkannya sebelum ia membawa kehancuran bagi umat manusia.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.